Tras la conquista de la ciudad en 1230, Alfonso IX concedió a la ciudad un estandarte consistente en una bandera cuadrangular de color carmesí con las armas de la ciudad en un lado y las armas de cada uno de los reyes en el otro, según la época, y que sigue en uso hoy en día, a pesar del interés popular, ya que nunca se ha derogado y no se ha utilizado desde hace dos siglos.
El color rojo proviene del Reino de León, al que Badajoz fue absorbido durante la Reconquista. Las armas de la ciudad son las que aparecen en el escudo de la ciudad.
Este estandarte ha sido uno de los emblemas de Badajoz durante generaciones, apareciendo en todos los eventos de la ciudad (firmas de tratados, visitas, bodas reales, etc.), y ondeando en el ayuntamiento histórico de la ciudad, las llamadas Casas Consistoriales. Es especialmente significativa la realizada el 6 de diciembre de 1598 para conmemorar el decreto de Felipe III. El 30 de noviembre de 1700 se repitieron los mismos festejos para reconocer al duque de Anjou como rey con el nombre de Felipe V.
En 1729, la boda del entonces rey Fernando VI en Badajoz, y su posterior proclamación en 1747, también se celebraron de la misma manera. Lo mismo puede decirse de la proclamación de Carlos IV (1789) y de la subida al trono de Fernando VII (1808).
Actualmente, el Ayuntamiento de Badajoz conserva el estandarte en uso, que incluye el escudo y el cuento de la Muy Noble y Muy Leal Ciudad de Badajoz (a pesar de que existen numerosas versiones erróneas del mismo) (lema concedido a la ciudad por Alfonso X). Además, según diversas fuentes, el Ayuntamiento ya está trabajando para devolver a la ciudad el estandarte (o bandera) histórico, con su histórico y distintivo color carmesí y el escudo heráldico con las armas oficiales de Badajoz, con la Corona Real (como se ve en los Títulos de la Casa Real), cuyo escudo no debe confundirse con el logotipo que se muestra.
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