Tras la conquista de la ciudad en 1230, Alfonso IX concedió a la ciudad un estandarte consistente en una bandera cuadrangular, de color carmesí, con las armas de la ciudad en un lado y las de cada uno de los reyes en el otro, según la época, y que se sigue utilizando en la actualidad, a pesar del interés popular, ya que nunca se ha derogado y no se ha utilizado desde hace dos siglos.
El color carmesí proviene del Reino de León, al que Badajoz fue absorbido durante la Reconquista. Las armas de la ciudad son las que aparecen en el escudo de la ciudad.
Durante generaciones, esta bandera ha sido uno de los emblemas definitorios de Badajoz, ondeando en el antiguo ayuntamiento de Badajoz, en las llamadas Casas Consistoriales, para todas las fiestas de la ciudad (firmas de tratados, visitas, matrimonios reales, etc.). La del 6 de diciembre de 1598, para conmemorar la declaración de Felipe III. El 30 de noviembre de 1700, se repitieron los mismos festejos para reconocer al duque de Anjou como rey con el nombre de Felipe V. En 1729, la boda del entonces rey Fernando VI en Badajoz, y su posterior proclamación en 1747, también se celebraron de la misma manera. Lo mismo puede decirse de la proclamación de Carlos IV (1789) y de la subida al trono de Fernando VII (1808).
El Ayuntamiento de Badajoz utiliza en la actualidad el pendón con el escudo y la leyenda de Muy Noble y Muy Leal Ciudad de Badajoz (lema concedido a la ciudad por Alfonso X), como otro de los emblemas representativos de la ciudad (a pesar de que existen muchas versiones erróneas del mismo). Además, según varias informaciones, el Ayuntamiento ya está intentando devolver el estandarte (o bandera) histórica a la ciudad, con su histórico y característico color carmesí y el escudo heráldico que lleva las armas oficiales de Badajoz, con Corona Real (las que aparecen en los Títulos de la Casa Real), el escudo no debe confundirse con el emblema que utilizan tanto el Ayuntamiento de Badajoz como la Diputación Provincial de Badajoz.
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