Las banderas de las islas durante la época de Taifal son en gran parte desconocidas. Una bandera roja y blanca dividida en el bando de los combatientes musulmanes se menciona en los antiguos escritos que relatan la conquista del último reino. La conquista de Mallorca por el rey Jaime I en 1229, y los textos que recogen este acontecimiento, dan fe de varios signos (escudos o estandartes) de quienes tomaron posesión de la isla: el propio rey, con sus habituales franjas rojas sobre fondo amarillo, los contingentes pisano y genovés, y quizás otras banderas religiosas y nobiliarias. La aprobación papal de la invasión también habría impuesto una bandera roja en todo el territorio.
Aunque la región insular perteneció a la Corona de Aragón durante unos 150 años, el «Libro del conocimiento» de la década de 1380 menciona una bandera con palos verdes y negros alternados. Lo más probable es que el error se deba a una identificación errónea de los colores originales de la bandera.
La conquista de la isla y, posteriormente, del resto del archipiélago, supuso el desarrollo de las instituciones de la península, especialmente la lengua catalana, así como la declaración del nuevo territorio como reino con el escudo del rey Jaime I el Conquistador. El número de barras de Señera (o bastones de mando en el escudo) sigue siendo discutido.
El color brillante provocó un debate a principios de siglo sobre a qué color se refería el texto. Aunque la historia heráldica y las representaciones del signo en escudos tallados o pintados favorecen la interpretación de este color como azul, algunos estudiosos de la época pensaban que era púrpura (el origen del color actual de la bandera). La ubicación de las dos marcas también es incorrecta, ya que sólo se indica que ambas están en la parte superior, cuando históricamente era un cuarto de solución.
Cuando el Reino de Mallorca era autónomo, esta bandera se utilizaba a menudo para distinguir los barcos del Reino de los catalanes. Lo más probable es que el uso de la bandera disminuyera cuando el Reino de Mallorca se reintegró a la Corona de Aragón (última invasión del Reino de Mallorca por parte de Pedro IV de Aragón en 1343), pero aún se imprimía en los mapas y cartas portuguesas.
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